Muğla bölgesi en tehlikeli ve aktif fay hattının üzerinde bulunması nedeniyle en tehlikeli 18 il arasında yer alıyor.
Anadolu’nun güney-batısında geçen fay hatlarının üzerinde bulunan bölgemizin en büyük fay hattı ise Gökova’dan başlayan ve Milas-Ören mahallesine kadar uzanan fay hattı.
Muğla ve çevresinde çok sayıda aktif fay bulunmuyor. Muğla’nın doğu ve kuzeydoğusunda Kelekçi, Acıpayam, Çameli, Beyağaç fayları, kuzey batısında Milas ve Yatağan fayları, güney ve güneybatısında ise Gökova, Datça ve Selimiye fayları yer alırken, Güneydoğusunda ise Eşen Fayı bulunuyor.
Ayrıca Fethiye-Rodos arasında çok derin bir denizaltı çukuru (grabeni) bulunmakta olup, bölgenin en önemli üst merkezleri bu denizaltı çukuru içinde. Bir diğer üst merkez ise Meis Adası üzerindedir.
Günümüzde deprem üretme potansiyeli bulunan bu faylardan Milas Fayı 39 km, Gökova Fayı 60 km’lik denizdeki uzantısıyla beraber 120 km, Yatağan Fayı 17 km uzunluğuna sahip. Muğla’nın kuzeydoğusundaki faylar Muğla Fayı olarak da adlandırılmakta olup, 25 km uzunluğa sahip. Batıda Akçaova’dan başlayan bu fay, Muğla şehir merkezinden de geçerek Düğerek ilçesine doğru uzanıyor.